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你签订的意向书是有法律效力的。劳动合同一定是公司提供的格式合同，对于格式合同有不同理解的应该按照不利于合同提供者的一方解释，也就是说你的工作时间是满45天的，所以不用担心；你应该拿到全部工资。根据劳动合同法单位不及时发放工资劳动者可以随时解除劳动合同这一点你也不用担心了。
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《劳动合同法》规定，试用期公司不能少于正常公司的百分之八十，你们公司的作法是违法的。
你签字的协议书是有效的，但是你仍然可以提出辞职，并主张得到你应得的工资，因为《劳动合同法》中规定如果用人单位未及时足额发放工资，劳动者可以随时解除劳动合同。
如果公司拒绝给你应得的工资，你可以去劳动行政部门反映情况，或者直接到劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。
劳动关系案件是不能直接起诉的
悲剧啊，你当时写离职申请时应该好好算算时间。
首先扣工资是肯定不合法的，但是由于你签了那个就业意向书，其中明确规定了未满45个工作日扣一半工资，你签字了。没办法
但是你提前签了劳动合同，你签的那份就业意向书是针对你实习期间吗？？如果这样就不合法了，因为你签了劳动合同，就不属于实习期间了。换句话说就是就业意向书在你签劳动合同当天已经失效了。那肯定不合法的，可以申请劳动仲裁。
但是提醒你一点：现在的公司和劳动局的人关系都不错的，不知道是否能否帮你把工资要回。建议针对你这种情况，你可以先打电话到劳动局咨询一下，会更好点。
严格来说，在校大学生不具备劳动法中劳动者主体资格，你毕业前是不能签订劳动合同的。签订的劳动合同在你正式毕业前也是部分无效的，这段时间发生的纠纷只能按照劳务合同纠纷来处理。如果发生纠纷单位很可能会从这个角度出发做一些策划。
为了简单点，暂且把本案定性为劳动纠纷来分析。你试用期是两个月，提出辞职是在试用期内，按照法律规定，你只要提前三天通知单位就可以辞职。公司没有权利扣你工资。你可以向劳动监察大队投诉，由劳动监察责令限期支付，逾期不支付的，由劳动监察大队责令公司按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向你加付赔偿金。如满意，请采纳。
试用期辞职是有工资的，这是没有疑问的。在试用期内你和用人单位虽然建立了劳动关系，但是正处在双方双向选择的阶段时期，双方在这一阶段中可以随时解除劳动关系，双方都不需要承担违约责任。但是在现实生活中人与人要做到真诚相待（不要考虑别人会怎么做）。你可以和你的老板实话实说，我想你在这个公司里的时间不长，也没给公司带来多大的效益，你的真实能力老板也还没真正的看到，你和他（她）实话实说的话一般来说是不会太为难你的。不要动不动就和老板吵，更不要动不动就去找媒体，劳动局这样只会把事情激化，对解决问题只有坏处没有好处。在工资方面好不要要求太高，该让步的就让一让。也不会损失多少，你就呢？当然啦，如果对方太过份了是一定要拿起法律武器捍卫自己的权益啦。