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扣除工资不合法，如果协商不成可申请仲裁。
用工单位扣押劳动者工资的，属于违法行为。
相关法律规定：
《劳动合同法》第三十条 用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
我是一名电子公司员工，我刚进厂的时候他们说是先实习一段时间在开始计件，我刚开始是去皮，熟练了以后就开始计件了，但是合来他要我去做别的事，我说要计时，他们说要计件，我不干他们就把我开除了，并且要扣我％60的工资，这种做法合理吗？