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不会！变性只是空间结构的改变，一级结构不会发生任何变化！
核酸的变性只是氢键断裂，双链分开变成两条单链的过程！
这个过程中，分子量没有任何变化！
据我所学的，蛋白质变性是其化学结构变化了，化学元素和数量都没有变化，也可以说成是同素异形体吧。
蛋白质变性分子量会变小
蛋白质变性（denaturation）:生物大分子的天然构象遭到破坏导致其生物活性丧失的现象.
我以sds-page电泳为例试着说明你的问题:
sds能断裂分子内和分子间氢键,破坏蛋白质的二级和三级结构,强还原剂能使半胱氨酸之间的二硫键断裂,蛋白质在一定浓度的含有强还原剂的sds溶液中,与sds分子按比例结合,形成带负电荷的sds-蛋白质复合物,这种复合物由于结合大量的sds,使蛋白质丧失了原有的电荷状态形成仅保持原有分子大小为特征的负离子团块,从而降低或消除了各种蛋白质分子之间天然的电荷差异,由于sds与蛋白质的结合是按重量成比例的,因此在进行电泳时,蛋白质分子的迁移速度取决于分子大小.
非变性凝胶里面没加变性剂.非变性胶跑出来的蛋白能保持其活性一般用做功能试验,如emsa.由于没有变性剂的原因非变性胶电泳时除了与蛋白分子量有关也会受都电荷的影响,因此对蛋白等电点的确定和缓冲液的酸碱性有注意,有时需要倒转电泳时的正负极.从跑的胶来看,变性胶会比较好看,带比较窄,非变性胶跑出来则比较粗糙.