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其实他们之间的区别在于可承包的工程范围，以下可承包的工程范围摘取自住建部新《建筑业企业资质标准》中“市政公用工程施工总承包”、“水利水电工程施工总承包”两项的可承包范围，请参阅。
市政公用工程施工总承包资质
承包工程范围
1、一级资质
可承担各类市政公用工程的施工。
2、二级资质
可承担下列市政公用工程的施工：
（1）各类城市道路；单跨45米以下的城市桥梁；
（2）15万吨/日以下的供水工程；10万吨/日以下的污水处理工程；25万吨/日以下的给水泵站、15万吨/日以下的污水泵站、雨水泵站；各类给排水及中水管道工程；
（3）中压以下燃气管道、调压站；供热面积150万平方米以下热力工程和各类热力管道工程；
（4）各类城市生活垃圾处理工程；
（5）断面25平方米以下隧道工程和地下交通工程；
（6）各类城市广场、地面停车场硬质铺装；
（7）单项合同额4000万元以下的市政综合工程。
3、三级资质
可承担下列市政公用工程的施工：
（1）城市道路工程（不含快速路）；单跨25米以下的城市桥梁工程；
（2）8万吨/日以下的给水厂；6万吨/日以下的污水处理工程；10万吨/日以下的给水泵站、10万吨/日以下的污水泵站、雨水泵站，直径1米以下供水管道；直径1.5米以下污水及中水管道；
（3）2公斤/平方厘米以下中压、低压燃气管道、调压站；供热面积50万平方米以下热力工程，直径0.2米以下热力管道；
（4）单项合同额2500万元以下的城市生活垃圾处理工程；
（5）单项合同额2000万元以下地下交通工程（不包括轨道交通工程）；
（6）5000平方米以下城市广场、地面停车场硬质铺装；
（7）单项合同额2500万元以下的市政综合工程。
注：
1.市政公用工程包括给水工程、排水工程、燃气工程、热力工程、道路工程、桥梁工程、城市隧道工程（含城市规划区内的穿山过江隧道、地铁隧道、地下交通工程、地下过街通道）、公共交通工程、轨道交通工程、环境卫生工程、照明工程、绿化工程。
2.市政综合工程指包括城市道路和桥梁、供水、排水、中水、燃气、热力、电力、通信、照明等中的任意两类以上的工程。
3.市政工程相关专业职称包括道路与桥梁、给排水、结构、机电、燃气等专业职称。
水利水电工程施工总承包资质
承包工程范围
1、一级资质
可承担各类型水利水电工程的施工。
2、二级资质
可承担工程规模中型以下水利水电工程和建筑物级别3级以下水工建筑物的施工，但下列工程规模限制在以下范围内：坝高70米以下、水电站总装机容量150MW以下、水工隧洞洞径小于8米（或断面积相等的其它型式）且长度小于1000米、堤防级别2级以下。
3、三级资质
可承担单项合同额6000万元以下的下列水利水电工程的施工：小（1）型以下水利水电工程和建筑物级别4级以下水工建筑物的施工总承包，但下列工程限制在以下范围内：坝高40米以下、水电站总装机容量20MW以下、泵站总装机容量800KW以下、水工隧洞洞径小于6米（或断面积相等的其它型式）且长度小于500米、堤防级别3级以下。
注：
1.水利水电工程是指以防洪、灌溉、发电、供水、治涝、水环境治理等为目的的各类工程（包括配套与附属工程），主要工程内容包括：水工建筑物（坝、堤、水闸、溢洪道、水工隧洞、涵洞与涵管、取水建筑物、河道整治建筑物、渠系建筑物、通航、过木、过鱼建筑物、地基处理）建设、水电站建设、水泵站建设、水力机械安装、水工金属结构制造及安装、电气设备安装、自动化信息系统、环境保护工程建设、水土保持工程建设、土地整治工程建设，以及与防汛抗旱有关的道路、桥梁、通讯、水文、凿井等工程建设，与上述工程相关的管理用房附属工程建设等，详见《水利水电工程技术术语标准》（SL26-2012）。
2.水利水电工程等级按照《水利水电工程等级划分及洪水标准》（SL252-2000）确定。
3.水利水电工程相关专业职称包括水利水电工程建筑、水利工程施工、农田水利工程、水电站动力设备、电力系统及自动化、水力学及河流动力学、水文与水资源、工程地质及水文地质、水利机械等水利水电类相关专业职称。
资质小庄
市政公用工程施工总承包资质
承包工程范围
1、一级资质
可承担各类市政公用工程的施工。
2、二级资质
可承担下列市政公用工程的施工：
（1）各类城市道路；单跨45米以下的城市桥梁；
（2）15万吨/日以下的供水工程；10万吨/日以下的污水处理工程；25万吨/日以下的给水泵站、15万吨/日以下的污水泵站、雨水泵站；各类给排水及中水管道工程；
（3）中压以下燃气管道、调压站；供热面积150万平方米以下热力工程和各类热力管道工程；
（4）各类城市生活垃圾处理工程；
（5）断面25平方米以下隧道工程和地下交通工程；
（6）各类城市广场、地面停车场硬质铺装；
（7）单项合同额4000万元以下的市政综合工程。
3、三级资质
可承担下列市政公用工程的施工：
（1）城市道路工程（不含快速路）；单跨25米以下的城市桥梁工程；
（2）8万吨/日以下的给水厂；6万吨/日以下的污水处理工程；10万吨/日以下的给水泵站、10万吨/日以下的污水泵站、雨水泵站，直径1米以下供水管道；直径1.5米以下污水及中水管道；
（3）2公斤/平方厘米以下中压、低压燃气管道、调压站；供热面积50万平方米以下热力工程，直径0.2米以下热力管道；
（4）单项合同额2500万元以下的城市生活垃圾处理工程；
（5）单项合同额2000万元以下地下交通工程（不包括轨道交通工程）；
（6）5000平方米以下城市广场、地面停车场硬质铺装；
（7）单项合同额2500万元以下的市政综合工程。
注：
1.市政公用工程包括给水工程、排水工程、燃气工程、热力工程、道路工程、桥梁工程、城市隧道工程（含城市规划区内的穿山过江隧道、地铁隧道、地下交通工程、地下过街通道）、公共交通工程、轨道交通工程、环境卫生工程、照明工程、绿化工程。
2.市政综合工程指包括城市道路和桥梁、供水、排水、中水、燃气、热力、电力、通信、照明等中的任意两类以上的工程。
3.市政工程相关专业职称包括道路与桥梁、给排水、结构、机电、燃气等专业职称。
水利水电工程施工总承包资质
承包工程范围
1、一级资质
可承担各类型水利水电工程的施工。
2、二级资质
可承担工程规模中型以下水利水电工程和建筑物级别3级以下水工建筑物的施工，但下列工程规模限制在以下范围内：坝高70米以下、水电站总装机容量150MW以下、水工隧洞洞径小于8米（或断面积相等的其它型式）且长度小于1000米、堤防级别2级以下。
3、三级资质
可承担单项合同额6000万元以下的下列水利水电工程的施工：小（1）型以下水利水电工程和建筑物级别4级以下水工建筑物的施工总承包，但下列工程限制在以下范围内：坝高40米以下、水电站总装机容量20MW以下、泵站总装机容量800KW以下、水工隧洞洞径小于6米（或断面积相等的其它型式）且长度小于500米、堤防级别3级以下。
注：
1.水利水电工程是指以防洪、灌溉、发电、供水、治涝、水环境治理等为目的的各类工程（包括配套与附属工程），主要工程内容包括：水工建筑物（坝、堤、水闸、溢洪道、水工隧洞、涵洞与涵管、取水建筑物、河道整治建筑物、渠系建筑物、通航、过木、过鱼建筑物、地基处理）建设、水电站建设、水泵站建设、水力机械安装、水工金属结构制造及安装、电气设备安装、自动化信息系统、环境保护工程建设、水土保持工程建设、土地整治工程建设，以及与防汛抗旱有关的道路、桥梁、通讯、水文、凿井等工程建设，与上述工程相关的管理用房附属工程建设等，详见《水利水电工程技术术语标准》（SL26-2012）。
2.水利水电工程等级按照《水利水电工程等级划分及洪水标准》（SL252-2000）确定。
3.水利水电工程相关专业职称包括水利水电工程建筑、水利工程施工、农田水利工程、水电站动力设备、电力系统及自动化、水力学及河流动力学、水文与水资源、工程地质及水文地质、水利机械等水利水电类相关专业职称。
资质小庄
市政工程主要是城市公用设施工程如城市道路、桥涵、排水、防洪、照明、供水供气供暖等管网等；水利水电工程主要是水利水电枢纽、河道治理工程、水力发电站的建设施工等。两者的专业不同，工程性质不同，所采用的施工规范不同，竣工验收标准不同。