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用latex写文章的话，需要用到bibtex来编排插入的文献，维护bib文献数据库可以用Jabref
如果用word的话，endnote, reference manager都不错，当然也可以借助另一款word插件Bibtex4Word实现Word写作时参考文献的插入和排版，这时Jabref仍然可以被方便的用来管理参考文献目录。后者详细的使用方法可以参考下面的帖子
http://bbs.ctex.org/viewthread.php?tid=61540
我用过几款文献管理软件，endnote， mendeley， zotero，noteexpress 和 notefirst，这些文献管理软件从功能上各有特色，网上的评论文章也不少，我自己的的使用体验如下：
a. 功能方面： 在导入中文文献数据的准确性上， endnote， zotero和mendeley都出现不同程度的问题，对中文期刊参考文献格式不能很好的支持并且对国标也不能正确理解。这三款是国外软件，主要针对英文作者，因此没有重点解决中文期刊作者的问题也是可以理解的。人家没把咱列为主要目标客户嘛，呵呵。但是值得一提的是mendeley内置的pdf浏览器，可以直接收录英文的pdf文件，这一个功能很强大， 我很喜欢。 zotero只支持firefox浏览器，对于我们经常用ie的人不适合。
国内的软件noteexpress和notefirst做的都不错，可以很好的支持中文文献，但ne在对国标的细节处理上依旧存在问题， 比如无法自动区别英文文献中的作者是中文作者的汉语拼音， 也不支持中英文双语的参考文献自动形成。 而notefirst 推出的相对比较晚，所提供的期刊样式还有待完善， 但它全面支持国标并且支持双语参考文献自动形成比较适用中文科技期刊的作者，这对我这个经常需要投被ei收录期刊的人来说是非常实用的。
b. 设计结构方面： endnote（web）,zotero，mendeley 和notefirst是网络版的设计，而reference manager, noteexpress 以及国内的另一款软件医学文献王都只有单机版。 网络版软件的好处就是能够使用户在不同地点、不同电脑上均可以同步自己最新的个人数据库。我相信随着互联网的飞速发展，网络版一定会成为主流产品。 而上面提到的这几款网络版软件中前两种都没有设计客户端， 在中国目前网络发展尚不完善的情况下纯粹网络版的产品可能会有问题，而只有mendeley和notefirst具有网络版和单机使用的共同设计。
c. 价格方面：endnote和noteexpress均是收费的软件， endnote还价格不菲， 只有机构用户才会使用。而mendeley， zotero和notefirst都提供免费版本。 功能上对于我这样的科技期刊作者来说已经足够用了。 当然，要写大论文的博士生们，还是用掏点钱使用软件的高级功能吧。
基于以上原因， 我最终选择了mendeley和notefirst 共同使用， notefirst 进行文献收集管理和论文写作， mendeley进行pdf文件的管理。这是我的个人使用经验之谈，谨供大家参考。