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1、新流程的执行问题
新流程能否得到很好的执行是上线后面临的一个关键问题。
2、系统调整的问题
实施ERP后，计划模式及业务流程进行了调整，这个时候系统中设定的某些参数和基础数据不一定很准确(比如说，计划期间、安全库存量、批量等)，上线之后，随着系统的使用，这些参数的问题会暴露出来，实施阶段，这些参数和基础数据的设定是顾问协助完成的。系统运维阶段，如何对这些参数进行调整使其符合企业的实际是一个非常重要的问题。
3、数据的准确性问题
我们知道，在手工阶段，同一个数据可以通过对不同业务部门提交的报表中进行分析比较。实施ERP后，数据的来源基本上就唯一了，数据源头的错误会导致后续一连串的数据错误。因此，控制数据源头的准确性非常关键。要保证数据的准确性，不光要求录入人员有高度的责任心，同时要求录入人员对其所录入数据的意义有充分正确的理解。很多企业认为数据录入是一个简单的重复性劳动，对此不够重视，结果导致下游业务部门发现问题的时候才进行处理，结果是费力费时。
4、队伍的问题
随着系统的上线，顾问的撤出，这时候企业需要自己的团队面对所有可能出现的问题。这个时候，企业自己的团队是否已经准备好了是系统能否正常运行的关键。其次，随着项目的上线，内部团队的很多人员会觉得系统的运维没有太大的挑战和发展，纷纷跳槽。这个时候，企业能否有一个合格的后备梯队顶上来关系到队伍的完整性。