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保险公司到任何医疗机构调查，均需要得到客户的授权。没有授权的调查是不合法的，取得证据也不能被法院认可。授权的形式一般是在理赔申请书上签字同意声明授权的内容，也有的被调查机构要求客户单独出具同意调查的委托书。
在得到客户的授权的情况下，是可以到农村合作医疗管理中心去查询的。他们与保险机构是同等关系，互惠互利关系。如果不配合，可以说明利害关系，他们有时也需要与保险公司互通情况的。
在被保险人出具委托调查书的情况下，名义上是可以到农村合作医疗管理中心去查，并且工作人员配合的话，就可以查到，但实际上很多地方的医保中心工作人员都不配合，保险公司很难查到。
你可以要求保险公司出个分割单,不过一般来说是由新农合先报,然后才由商业保险公司报的.一般的医疗报销顺序是先社保再商业保险,新农保属于社保,一般在当地住院时就报了.