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1、两者的本质不同。第三人撤销之诉本质是新诉，是对第三人实体权益的救济并且是第一次救济。案外人申请再审之诉属于再审制度，是特别救济程序。2、两者适格主体范围不同。第三人撤销之诉的适格主体是“因不能归责于本人的事由未参加诉讼”的有独立请求权的第三人和无独立请求权的第三人，并且第三人必须是原审诉讼案件外的第三人。案外人申请再审之诉的主体，法律没有明确规定，案外人申请再审之诉的主体主要是指物权人但不限于物权中的所有权人。3、适用的程序不同。第三人撤销之诉适用一审程序，案外人申请再审之诉适用审判监督程序。
案外人是与案件无关的人，但法律上其实并无这样的称谓。第三人分为有独立请求权第三人和无独立请求权第三人。前者是对诉讼标的有独立请求权，可以申请参加诉讼，提出请求；后者是与案件结果有直接的利害关系，法院可依职权追加或者依申请追加参加诉讼，可以对案件结果提出上诉，但不能反诉。