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考研的我不知道，不过高中毕业后将学籍档案丢在高中学校的，后来工作考公务员的要工作档案可以这样处理：
1、让工作单位人事开具一张接收人事档案证明；
2、再去高中学校或者所属教育局档案室调出学籍档案，转到工作单位所在城市的人才市场，让他们办理学籍档案转工作档案手续，转档案办完之后再将自考的毕业生登记表交给人才市场工作人员入档案；
中间有可能各地不同小差异存在，大致上流程是这样。
如果打算考研，真没必要太担心，很多自考生都考上了研究生后没听说哪个因为档案不能读的，关键是能否通过国考和复试关。
梅花香自苦寒来保剑锋从磨砺出。祝你好运！
这你可以照实交给学校档案室，并附上为何在自己手里的说明。