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从你提供的情况看，你们那儿的新农合已经合并到社保局进行管理了，全国大部分的新农合部门目前还是归卫生局管理。
你父亲所缴纳的100元应该属于新农合，国家规定的新农合最低收费标准是60元，各地区根据本辖区内实际情况参合费用可以适当提高，从而进一步提高门诊报销的保障力度。如河南新农合筹资是60元，山东是80元，部分地区是120元，这样参合患者的门诊统筹基金高了，门诊医疗报销的也就高一些。
关于你父亲所缴纳的1000元，不应是新农合筹资的范围，也就是说这部分钱不是缴给了新农合，我想应该是缴给了农村养老保险，农村养老保险最低缴费标准是100元，最高为1000元，参保农民可以根据自己的经济状况进行选择，当然缴的越多，到时领取的社会养老保险金也就越高，缴多缴少应该是老百姓自愿，而不应该有所限制。关于你父亲一次性补缴了一万元的问题，我对此情况有点儿不太清楚，也许是农村养老保险必须缴够多少年，你父亲为满足这样一个条件，一次性才缴了那么多钱，这个你应该向人社局问清楚。
如果你父亲这部分费用不是缴的农村养老保险，那么就是你们那儿新农合与商业保险挂钩了，这种捆绑型政策国家是不支持的，当然如果参加了，生病报销后，商业保险还可以再报一部分，但报销的资金不会超过住院消费。
因为你父亲所缴纳的100元与1000元不是一次性缴的，所以这一千元是农村养老保险的可能大，具体情况还是依你向人社局咨询的为准！