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你要先问问市教育局是否可以代理你的档案的，假如可以，那就没有问题了。
不过，按照当前的人才流动管理机制，一般来说高校毕业生的档案都保存在人才交流中心。按常理说，你应该拿着你的报导证去你原籍处的人才交流中心报到，查询自己的档案是否已经送到该处，然后再办理人事代理（档案托管）。按照这么做，总的来说，对以后考公务员没影响的。
另，就业推荐信是市教育局给县教育局的，就是对你的工作安排落实的一个公函。
教育局是否还接受你的档案这个具体得问教育局，档案如果教育局不接受，你可以自己先拿好，别拆封，别丢失就行，等到找好单位或人才市场了直接给他们即可！