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不知道你所说第二条插槽是哪个，不过2条插槽有一条是16X的有一条是4X的没错，如果实在看不懂说明说看下面的图片吧，点击可放大图片。在图片中靠近CPU的是16X的显卡插槽，较远的为4X在主板上有标示，请仔细看就能找到。
技嘉GA-870A-UD3 http://detail.zol.com.cn/motherboard/index240037.shtml
一块显卡时，应该插在离CPU最近的插槽上，这一原则对任何主板都是适用的。你的电脑在装机时将显卡插到第二插槽，是装机人员图方便或第一显卡插槽有问题，但这主板的第二显卡插槽是4X的，或严重影响显卡性能。
顺便提醒一下，既然显卡都这么不负责任，很可能SATA也用的是IDE模式，你进BIOS看一下吧，如果真是IDE模式，建议设置成ACHI模式后，重新安装系统。