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1、三选一就是只考其中的一门了。
2、至于考哪门没有具体要求，主要是看你学的是什么专业，哪一门自我感觉要好一些。像是自动化专业的一般都是考自控的。专业课给出了三门，个人认为是为了接收来自不同专业的优秀生源。
3、北京自动化所的研究主要是偏软件方面的，所以有些导师喜欢数学和计算机基础好一些的学生，但将来如果考上了，在学习、做项目中这几门都会有所接触，对以后应该不会有什么影响。
4、大纲中给出的参考书是中科大本科生用的两本。
古典控制理论、现代控制理论
《自动控制原理》，庞国仲，中国科学技术大学出版社。
《线性系统理论和设计》，仝茂达，中国科学技术大学出版社。
但其他比较优秀的教材可以，像是胡寿松的就有好多人用，不过推荐用书最后最好还是要看看，主要是对比一下解题思路和方法，在出现分歧的地方最好按推荐用书的方法来，这样比较稳妥一些。
5、至于如何准备，这主要看你自身的情况了。基础好的话就可以晚一些准备，基础薄弱的话就要多下些功夫了，总之，基础一定要打好，多动手做题，拓展思路，中科院的专业课阅卷一直都很严，平时的练习是必不可少的。
6、往年的试题和资料大多是买的，可以在网上买，也可以找自己学校考过的学长买。不过貌似只能买到07年的，从08年开始不再用中科大出的题了，是所里自己出题，考题也不对外公布。出题老师变了，估计侧重点也会有所不同，不过买来做参考还是有必要的。
7、应该是每年准备出题的时候才会确定出题老师吧，再说，即使知道也没有什么用处，还是多花些功夫复习要紧！
给你贴个北京所的近几年复试线，有压力才会有动力，呵呵！
2006年，355，
2007年，报名473人，录取90人，分数线349
2008年，报名428人，录取90人，分数线361
2009年，报名323人，录取100人，分数线335
最后，希望我的回答能对你有所帮助，我也在搜集资料中，以后可以多多交流！