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厌氧发酵:就是在隔绝氧气的情况下进行的发酵过程，原理是因为有些细菌只能在无氧的情况下进行发酵，使一些物质转化成人们生产和生活所需要的微生物能源、微生物饲料、微生物肥料等等。
可以用来作沼气发酵的原料有很多，最常用的是人、畜（猪、牛、羊、鸡、鸭、鹅等）粪便，各种作物秸秆（稻草、麦草、玉米秸）、青杂草、烂菜叶、水葫芦、有机废渣、废水（酒糟、制豆腐的废渣水、屠宰场废水）等都是很好的发酵原料。
厌氧发酵是废弃物在厌氧条件下通过微生物的代谢活动而被稳定化，同时伴有甲烷和co2产生的变化。
厌氧发酵的影响因素有：原料配比，厌氧发酵的碳氮比以20—30为宜，当碳氮比在35时产期量明显下降；温度在35—40℃为宜；ph值对于甲烷细菌来说，维持弱碱环境是绝对必要的，它的最佳ph范围为6.8—7.5，ph值低，它使co2大增，大量水溶性有机物和h2s产生，硫化物含量的增加抑制了甲烷菌的生长，可以加石灰调节ph，但是调整ph的最好方法是调整原料的碳氮比，因为底质中用以中和酸的碱度主要是氨氮，底质含氮量越高，碱度越大，当vfa（挥发性脂肪酸）>3000时，反应会停止。