大进化的说法建基于一个声称：动植物的遗传密码出现突变，即出现随机的变化，不但能导致新物种出现，还能导致完全不同科的动植物出现。
可是，并不是任何一种突变都符合进化的要求。罗伯特·贾斯特罗（Robert Jastrow）指出必须“慢慢累积有利的突变”才行。《Red Giants and White Dwarfs》
假定有益的突变是进化的基础，那么突变又有多少是有益的呢？进化论者对于这个问题，意见完全一致。例如卡尔·萨根（Carl Sagan)说：“突变大部分都是有害或者致死的。”《Cosmos》彼欧·科拉尔（Peo Koller)说：“绝大多数的突变对于带有突变种基因的那个生物，都是有损害的。实验表明要经过成千成万有害的突变，才会有一个是成功、有用的。”《Chromosomes and Genes》
可见，“中立”的突变除外，有害的以千万与一之比在数量上超过有益的。《大英百科全书》说：“这个结果是意料中事；大凡在任何复杂的组织中，意外变化的情形都是这样的。”由于这个缘故，据称突变是数以百计先天遗传疾病的祸首。
《美国百科全书》承认：“事实上，大部分基因突变对有机体都产生破坏作用。进化的突变理论却认为，这个过程能产生进化所需的原料。看来事实跟理论颇难协调。其实，生物学课本展示的突变异种都是些畸形的怪物。突变的结果看来是破坏，而不是建设。”（第10卷，742页）要是拿突变种昆虫和正常昆虫竞争，结果总是一样。莱迪亚德·斯特宾斯（Ledyard Stebbins)说：“经过若干代之后，突变种迟早被消灭。”《Processes of Organic Evolution》它们没有竞争力，因为它们非但没有改良，反而退化了而处于不利的地位。
德国马克斯－普朗克植物培育研究所的科学家沃尔夫－埃克哈德·伦尼希（Wolf-Ekkehard Lönnig）说：“突变不能够把原有物种变成另一个全新的物种。这个结论跟科学家在20世纪研究突变所得到的经验和结果吻合，跟或然率的计算也相符。因此，变化会有规律地重复这件事，让人看出不同物种有不同基因，界限分明。物种之间存在实实在在的界线，是意外的突变不能除去，无法逾越的。” 《Mutation Breeding, Evolution, and the Law of Recurrent Variation》
遗传学家多布赞斯基（Theodosius Dobzhansky）说：“一次意外、一项不规则的变化，对于任何精密的装置都不可能起改良的作用。把枝条插进手表或者收音机的机件里，很少会使它更灵。”《Heredity and the Nature of Man》因此，请问问自己：在生物体内这一切复杂得出奇的细胞、器官、肢体、机能，全靠一种起破坏作用的过程建设起来，你觉得合理吗？
实情正如约翰·穆尔（John N. Moore）教授所说：“根据十分严谨的研究和分析，如果武断地声称基因突变是涉及天然选择的任何进化过程的原料，那就是信口雌黄了。”《On Chromosomes, Mutations, and Phylogeny》