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2010年1月10日南京地铁3号线暨南京地铁1号线西延线过江线试验段在南京南站举行开工典礼。
2010年5月25日，《南京地铁3号线一期工程可行性研究报告》通过国家发改委专家评审。
2010年6月21日南京地铁3号线完成初勘报告，并对部分站点做出微调。
2010年9月10日下午，南京地铁3号线南京火车站标段以及南京地铁3号线跨长江隧道工程实施开工招标。
2010年10月1日，3号线车站土建工程在浦珠路站首先开工。
2010年12月18日，“地铁三号线过江隧道工程”举行开工仪式。
2011年1月，夫子庙站进行拆迁，南京站开始三十米深基坑施工，泰冯路站、浮桥站开始围挡迁移树木。
2011年2月，京新村站围挡施工。
2011年3月，大行宫站、常府街站、清水亭站、吉印大道站行道树迁移，开始围挡施工。
2011年4月30日，诚信大道站开始围挡施工。
2011年10月2日，3号线首台盾构在明发广场站至绕城公路区间始发。
2011年11月4日，3号线二期工程节能评估报告通过国家发改委审查。
2012年3月27日，高新路站主体结构封顶，这是3号线首个主体结构封顶的车站。
2012年4月3日，3号线盾构穿越九龙湖。
2012年4月11日，3号线江北段隧道洞通。
2012年5月14日，明发广场至南京南站盾构隧道贯通，这是3号线首个双线贯通的盾构区间。
2012年7月1日，南京地铁3号线全部站点具备开工条件。
2012年7月16日，3号线过江盾构从长江北岸始发。盾构机为直径11.57米的泥水气压式盾构机。
2012年11月，南京地铁3号线过江盾构故障停滞。南京地铁3号线是否能按期通车成难题
2012年12月，南京市发改委已经审批，南京地铁3号线终点站将南延一站至秣陵镇。正报请江苏省及国家发改委批准，一旦批复，将很快可以开工建设。过江盾构恢复掘进，此前因刀盘密封问题，仅掘进55米后*暂停。
2013年，上元门站才开始大规模主体结构施工。
2013年中，过江大盾构盾构机故障，开始了为期约10-13个月的大维修。
2014年1月，南京地铁3号线过江大盾构盾构机修复工作完成，2014年2月大盾构盾构机开始恢复掘进。.
2014年2月，上元门站任然在主体结构施工中。
备受南京市民关注的南京地铁3号线，2014年2月初过江盾构机已经修复，正在恢复掘进，力争在2014年9月30日通车。南京地铁3号线贯穿大江南北，连接主城区、江北、江宁，也就是说，2014年09月30日，南京地铁3号线将通车运营，（或于2014年12月31日通车运营）备受关注的紫金江宁板块、桥北板块将迎来地铁时代。
建设中的南京地铁3号线是一条南北客流主干线，贯穿大江南北、连接主城江北新市区和东山新市区，连接禄口机场、高铁南京南站、南京火车站及江北火车站最重要的对外交通枢纽。南京地铁3号线线路全长44.83千米，总投资为295.07亿元，工程于2010年1月开始实施，12月1日正式开工建设，预计2014年6月建成通车。整个线路中，高架线2.4千米，地下线42.4千米。