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为了扶持和鼓励高新技术企业的发展，08年4月份国家税务总局公布了《高新技术企业认定管理办法》（以下简称办法）。办法就高新技术企业的认定管理机构及认定条件程序等方面的问题进行了明确。
一、管理机构及职责明确：办法明确规定，由科技部、财政部和国家税务总局组成高新技术企业的认定管理工作领导小组，并执行相关职责。领导小组下设办公室，地点在科技部。并分别明确了领导小组和办公室的主要职责。各省、自治区、直辖市、计划单列市科技行政管理部门同本级财政、税务部门组成本地区高新技术企业认定管理机构（以下称“认定机构”），根据本办法开展高新技术企业的认定管理工作。
管理机构的设置和职责的明确进一步加强了对高新技术企业相关工作的管理和监督。
二、认定条件强调独立知识产权
为了适应新形势的发展，鼓励企业自主创新，与原认定办法（国家高新技术产业开发区高新技术企业认定条件和办法 国科发火字[2000]324号）（以下称“原办法”）相比，新办法强调企业对其主要产品（服务）的核心技术拥有自主知识产权。对于获得核心技术知识产权的方式，办法规定，可以通过近三年内通过自主研发、受让、受赠、并购等方式，或通过5年以上的独占许可方式。这是认定企业为高新技术企业的硬条件。
三、《国家重点支持的高新技术领域》修改为八个
四、细化了研发费用的比例并规定在我国境内研发费用的最低比例
五、加强了对高新技术企业的后续管理：新办法规定，“企业研究开发组织管理水平、科技成果转化能力、自主知识产权数量、销售与总资产成长性等指标符合《高新技术企业认定管理工作指引》（另行制定）的要求。”
六、严格了认定的程序 明确了提交资料：新办法规定，程序分四步，首先企业进行自我评价并提出申请；其次，企业提供相关材料：①高新技术企业认定申请书；②企业营业执照副本、税务登记证（复印件）；③知识产权证书（独占许可合同）、生产批文，新产品或新技术证明（查新）材料、产品质量检验报告、省级以上科技计划立项证明，以及其他相关证明材料；④企业职工人数、学历结构以及研发人员占企业职工的比例说明；⑤经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度研究开发费用情况表（实际年限不足三年的按实际经营年限），并附研究开发活动说明材料；⑥经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务报表（含资产负债表、损益表、现金流量表，实际年限不足三年的按实际经营年限）以及技术性收入的情况表；再次，合规性审查；最后，认定、公示与备案。
对高新企业的认定有了严格的统一的程序和步骤。申请企业提供的材料有了明确的统一的法律规定。申请高新企业必须提供独立知识产权或新产品或新技术的相关证明材料。对研发费用和三年财务报表，必须由中介机构提供相关报告。最后要进行公示与备案。这显示了高新技术企业申请和认定的严肃性和公正性。
针对以上的调整，虽然政策出台已接近三年之余，但是真正能正确解读政策的只是少部分；如果企业基本符合，有自己申报能力的，可以自己申报，如果模糊的一定要慎重，找中介机构来评分，和指导；因为企业不是一年没有通过的失败，而是影响企业整个经营，今天我们企业报上去了，很多企业的宣传册上就多了一句，我们是国家高新技术企业，可以是没有通过，怎么去面对客户啊？第二：审计的费用花了，是没有发免回的；第三：企业只能在第二年最重新申报；我公司当时就找北京天拓力行顾问咨询有限公司申报的，他们的专业能力和服务态度都不错。
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公司积累了丰富的申报经验，参入过08、09年高新技术企业认定百余家全部通过，熟知项目评审要点和要求，可以帮助企业编撰申报材料，提高申报材料的质量、含金量，（科技成果转化能力指标满分30分，研究开发的组织管理水平指标满分20分），从而提升企业及项目整体水平
4、帮助办理自主知识产权登记，软件著作权只需要您提供一个名称，告知行业领域，我就可以帮您申请软件著作权证书。
（本次高新技术企业认定，拥有核心自主知识产权是必备的硬性条件之一，并且每个企业要拥有至少3件以上知识产权证书才有可能申请成功（6件以上该指标可得满分30分），因此申办高新认定的当务之急是申请知识产权证书。相比申请周期为3-5年的专利证书来说，30个工作日即可取得的计算机软件著作权证书是企业应当尽快申请的证书，我公司常年代办著作权证书申请，服务优质高效，可以提供上门服务，并可加急办理3-10个工作日出证书，帮助企业在最短时间内完成证书申请，为高新认定打下坚实基础。）
5、帮助企业做好审计。本次高新技术企业认定，需要提供近三年度的普通审计报告和专项审计报告,专项审计报告会涉及到近三年的研发投入和上一年度的高新技术收入水平。
自己申请也可以，代理机构也是可以的，建议你还是找专业代理机构吧，省时省力，效果也好。