3个回答
有两种意见，
1、一种是在KID第一次出场的“076 柯南对怪盗基德 ”这一集里
2、另一种是在《世纪末的魔术师》里
第一种，在这一集里，由KID的表现上来看，刚开始遇到柯南时他是不知道的，只是觉得他“不是一个寻常的小孩吧”。但是从后面他的表现上来看，他已经通过他的调查发现了，因为他频繁化妆出入毛利的事务所，最后还做了和小兰一模一样的衣服扮成小兰，到最后柯南快抓住他时，他利用了柯南对小兰的担心成功逃脱，能这么准确地利用小兰，可见他是知道的。
讲KID在这一集知道的理由：虽无具体的确定的事实说明，但可以通过KID的表现来看出。
第二种，在这部剧场版里，KID扮成的白鸟一直在跟踪柯南，观察柯南的行动，柯南在厕所里与博士联系都被他看在眼里，到最后，他为了还柯南救他鸽子的情，扮成了新一的样子帮他解围，逃过了小兰的怀疑。这时已经的的确确知道他是谁了。
讲KID在这一部中知道的理由：在这一部中有具体的观察过程，并且扮成新一最后确定他知道的结果
这两种说法各有各的理由，剧场版有观察——得出结论的完整过程，但如果你报有剧场版不影响TV剧情的观点来看，那就算是76集吧。（我转来的）
知道秘密的有：
一、按知道的先后顺序排：
1、阿笠博士
（当然是第一个知道的）
2、3、有希子＆优作
（博士告诉他们的）
4、服部平次
（通过推理＋威逼知道的）
5、基德
（在第一次出场的时候就懂得利用小兰牵制柯南了，能这么准确地利用小兰，怎么可能不知道他的身份？并且在剧场版《世纪末的魔术师》里为了还柯南救他鸽子的情，还扮成新一的样子，帮他逃过了小兰的怀疑）
6、宫野明美
（她临死时问柯南到底是谁，柯南回答“工藤新一，是个侦探”）
7、灰原哀
（灰原哀是在调查新一时发现，应该很早就知道，但是因为她出场在后，所以排这里）
8、贝尔摩
（她是在调查哀的过程中发现的，具体不知道什么时候，反正在“345直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件”里有讲她在博士家里安装窃听器，并且发给柯南的邀请信是直接写的是“新一”的）
9、朱蒂
（不知道她和贝尔摩是谁先知道的，她很早怀疑柯南并叫柯他cool boy。在“345直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件”中她和柯南合作诱捕贝尔摩，是那次事件的策划参与者之一）
10、赤井秀一
（也不清楚他什么时候知道的，但是他肯定知道，他也参与了“345直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件”，并且在“425Black impact ! 被组织的魔掌触碰的瞬间”中大家都去追踪黑衣组织，他却一个人到毛利的事务所对面埋伏。如果他不知道整个事情的来龙去脉，怎么会做出如此准确的判断呢？）
11、FBI的头头詹姆斯·布莱克＆FBI
（朱蒂不会对他的上司隐瞒她的调查结果的，所以他作为朱蒂的上司是知道的，在“258~259 来自芝加哥的男子”里他明显在试探柯南，并且从FBI以后的行动来看，他们明显对新一的身份是有默契的）在该集最后 詹姆斯·布莱克称柯南为cool guy guy是称呼少年的 说明他已知道柯南秘密
12、诺亚方舟
（这是剧场版《贝克街的亡灵》里弘树研制的人工智能，其实代表的是弘树自己，他是研究遗传基因的什么东东的，并且柯南在他所控制的游戏里，他当然是要有多清楚有多清楚）
目暮不知道
望楼主采纳O(∩_∩)O~~
剧场版3 世纪末的魔术师~
那个时候，快斗化妆成了白鸟警官，柯南打电话的时候，被听到了
可不能小看基德的iq~~况且柯南在其他人面前多少还会装装小孩子掩饰下推理能力（当然对已经知道的人就没这个必要了），弄几个“啊咧咧~~”之类的，而在基德面前根本就没掩饰嘛。一个小学一年级学生有这样的推理能力正常吗？再稍微调查下工藤新一和毛利小五郎的背景什么的~~就算没证据证明猜也能猜到了~~怪盗也不是谁都能当的，也需要反侦察和反推理能力嘛~~