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两块硬盘冲突的问题只发生在IDE模式，SATA（ACHI）模式不存在冲突问题，因此要解决冲突问题归彻底的办法就是将IDE模式改成SATA模式，如果一定要用IDE模式，可以用两条IDE线，分别插丰主板上的不同的IDE插槽，如果只有一条IDE线或主板只有一个IDE接口，那么接在数据线中间的那块硬盘就要改变跳线，将其设置成从盘。
楼主说得太笼统了。
楼主使用的SATA硬盘还是IDE硬盘？还是外接的USB移动？
硬盘冲突具体表现为什么现象？
是Boot有问题还是两块硬盘只能识别其中一个？
不同的现象有不同的排查模式和解决方案，楼主最好能详细说明一下。
硬盘冲突也就是不兼容的问题。产生的原因有可能是主板原因，你可以检查一下硬盘的线接好了没，然后将一个硬盘设成主盘，一个从盘。一般电脑上有两个IDE总线，分别是IDE0和IDE1。要想设置它只能看主板，分清哪个IDE槽是0，哪个是1。两个IDE总线又可以各自接两个IDE设备，分为主设备（Master）和次设备（Slave）。这个不能通过接线来更改设置，只能看设备的跳线。一般设备上都会有提示，会说明哪个跳线是Master，哪个是Slave。仔细看看。