运行速度会比较慢
对比直接接主板上的速度，差距比较明显
笔记本电脑想用两块硬盘分别装两个系统，独立出来用哪个就在USB口上插那个，能实现吗？
意思就是把系统装在移动硬盘上，想用哪个就插哪个，可以肯定的告诉你，能实现。其实这个和装机人员用U盘PE系统的道理是一样的，插入U盘，在笔记本BIOS选择USB启动，进入PE系统进行维护。你想装的系统是什么版本，可以去MSDN网站去下载，下载完成后得到一个后缀为ISO的系统镜像。插入你要装系统的移动硬盘，然后在电脑上装一个软碟通（Ultra ISO）软件。
打开软件，选择文件→打开，选择下载好的系统镜像。然后选择启动→写入硬盘映像，会弹出的对话框，在硬盘驱动器那一栏会自动识别你的USB硬盘，写入方式那一栏可以选择USB-HDD+，然后单击写入，软件会开始将系统写入移动硬盘。注意制作USB系统盘会把你的移动硬盘格式化，里面的数据要提前备份好个人资料。
等写入完成之后，将笔记本电脑重新启动，BIOS设置中选择USB启动（每个品牌的设置方法不一样，你可以自己查询），这样就会进入移动硬盘的系统来完成最后的安装，你需要按引导一步步完成操作就进入桌面了。进入桌面后该装驱动装驱动，该安软件安软件，这样你的USB硬盘系统就算完成了。
装另一个系统盘也是按照上面的操作重新来一遍就可以了。
这样做虽然很方面，但是也有很大的局限，就是USB接口的读写速度低于SATA接口，更远远不及M.2接口。如果你的USB接口只是2.0，系统虽然能用，但是反应会比较慢，进行操作或者安装软件等待时间很长，这个问题无法解决，只能忍受。不过如果你的USB是3.1，那么建议你用移动固态硬盘来安装系统，这样无论是接口，还是硬盘本身的传输效率都会增加，系统反应慢的问题可以大大缓解。
以上是我的回答，希望能够帮到你，喜欢的话请给个关注吧，谢谢。
可以的，设置USB启动就可以。
不过USB速度太慢（雷电除外）而且稳定程度不如硬盘接口，建议稍微再花点心思从内部硬盘接口引线出来接硬盘，速度与内置一样而且稳定。