转眼间，三年就过去了。柯南已经10岁了，毛利兰和园子已经成为东京大学的学生了。在这三年里，柯南和哀在不停的寻找黑暗组织的信息。同时，在这三年里，毛利小五郎在柯南的帮助下，名声越来越大。渐渐的，报纸的头版头条都成了关于毛利的新闻。工藤新一这个名字，仿佛已经被人忘在了脑后。但是，那个人是永远不会忘记的——兰的心里始终牵挂着那个被她叫做推理狂、但始终在她心里占据大片位置的家伙。每当柯南看到关于毛利小五郎的新闻消息时，他总会苦笑：也好，让工藤新一早日从人们的记忆中消失把。园子和京极真、服部和和叶都已经订婚了，准备在大学毕业后举行婚礼。但兰还是孤单一人，她没有交新的男朋友，因为——她在等。
一
“柯南君，你过来一下！”刚到阿笠博士家，柯南就被小哀拖到了地下室。“干嘛这么心急火燎的？”柯南不屑地问。“你可能已经暴露了。”小哀一边弄电脑一边平静地说。“扑通！”柯南下的从椅子上摔了下来。他一把抓住小哀的胳膊：“这到底是怎么回事？你不是说你在我名字的旁边写了‘死亡’了吗？”小哀推开他，还是那样的冷静：“你最后一次给兰打电话应该是一年多以前吧。但是，就是那一次电话，被黑暗组织的人监听了。看，在那次电话的电磁波边，有很多杂乱的电波。”果然，在电脑上显示出了一张杂乱的电磁波。柯南一拳砸在桌子上：可恶！我小心翼翼地不让自己露出马脚。没想到……没想到……
小哀站起来，扶住了柯南的肩膀：“现在，不光你的处境很危险。想想兰，想想毛利叔叔，想想阿笠博士。一旦你的身份暴露了，他们的安全就难保了。到时候，我们都会被咔嚓掉！”柯南要紧牙：“可恶！！难道就没有弥补的办法了吗？”“有，只要你的父母帮忙。但是，这样做小兰可能会受到打击。”“没关系，只要……只要我的兰不受到伤害！！”小哀摇了摇头：“如果你想要确保你身边人的安全，你只能这样做了……”
二
第二天，报纸的头版头条被这样一条新闻占据了《关东名侦探工藤新一 死亡消息正式确定》。这一天，工藤新一的追悼会也在帝丹中学召开了。追悼会上，工藤有希子和工藤优作断断续续地说出了事情的缘由：三年前，工藤新一就因病去世了。但工藤夫妇接受不了独生子去世的打击。他们请医生做了防腐药品，用来保护儿子的遗体，为了还造成一种儿子还活着的假象，他们模仿儿子的声音给兰打电话，让兰相信，工藤新一还活着。但是今天，他们不得不面对现实，他们的儿子已经死了。于是，他们公布了工藤新一已死的消息。
现在人们明白了，失踪了三年的关东名侦探，原来是英年早逝了。园子抱着小兰，哭得淅沥哗啦。工藤夫妇也是痛不欲生。但是兰却是一脸平静。她微微的笑着，一言不发。毛利小五郎抓住她的肩膀，用力地摇着：“兰！醒醒吧！那个小子已经死了！”英理抱住女儿的肩膀：“哭吧，妈妈知道你心里难受。不要憋在心里啊！”“不！他没有死！”小兰语出惊人。“什么？！”“他没有死。他说过让我等他的！他说过他会好好的回来见我的！他说过他会好好的回来见我的！他说过的！”“兰！”毛利怒了, “你难道没有听到吗？那是工藤叔叔和有希子阿姨说的，不是真正得工藤新一！”工藤夫妇也走上前，抱歉地说：“兰，对不起。是我们制造了新一还活着的假象。对不起！”“不是这样的！他说过他让我等他回来的，他让我等的！”兰冲了出去。“兰——”谁也没有阻止得了兰，兰冲了出去。
这是新一的家。这是他最爱的福尔摩斯。这是新一的衣服。这是新一的鞋子。这是新一的书包。小兰一件一件的抚摸着，刚才忍住的泪，现在已经像泄洪一般的倾泻下来，滴落在了新一的“遗物”上。
兰抱着新一的东西，冲到窗户边：“新一，你个大混蛋！你为什么要骗我！你为什么会死！为什么！新一——新一——你快回来啊——新一————————”！
三
生活似乎回复到了平静。新一的追悼会结束了，人们心中那个名侦探远离了他们。小兰和其他人似乎没有什么危险。显然，那次追悼会拯救了大家。
转眼一年就过去了。小兰仍然过着孤单的生活。她还是没有男朋友。虽然说追她的男生不计其数，但是，她的心里已经装不下了。
“新一……” “不要叫新一了，博士，新一已经死了。现在活着的是江户川柯南。”“好吧，柯南。小哀已经在地下室忙了一天了，我怕出什么事，但是我又不敢下去。新……柯南，你下去看看吧。”
柯南推开地下室的门，一眼就看见了坐在电脑前奋斗的小哀。“小哀，在干什么？博士很担心你。”“柯南，我有一个消息要告诉你。”“说吧，不要告诉我说你又发现了一种药品，能把男人变女人。”（小哀汗）“柯南，我已经用追踪仪追踪到了黑暗组织的下落！”“什么！”柯南一惊！“他们在哪里？快告诉我他们在哪里？”小哀把电脑转过来给他看。那是一个废旧仓库……
终于一举端掉了那个黑暗团伙。从此，柯南和小哀再也不用生活在恐惧中了。但是，在摧毁这个组织时，狡猾的gin把所有的资料都烧毁了，这就意味着，柯南将永远是柯南，小哀永远是小哀。
柯南望着天空，对身旁的小哀说：“哀，我认了，我是柯南，不会在变回新一了……”但是，小哀从他平静的脸上看到了失望，看到了悲哀，看到了忧伤。
四
望着呼啸而去的飞机，小兰在心里默默的道别：再见柯南，再见！
前天江户川文代到毛利侦探事务所来接柯南。她说她要接柯南去美国，可能不再回来了。今天，就是柯南和他妈妈离开的日子。
小兰转身走进机场大厅，苦笑一下：现在，连最后一个可以倾诉的对想也走了。我真的成了孤单一人。呵呵……
五
（小兰教室）
“同学们，今天我们将有一个新同学加入。他叫做——工藤柯！”小兰一惊，因为她对工藤这个名字太敏感了。园子碰碰她：“兰，很怪的名字啊，好像女孩子的名字！哈哈哈哈！希望是个帅哥！”园子又犯花痴了。小兰无奈的摇了摇头：“园子，你都和阿真订婚了，还在想其他的帅哥，真没办法……”
“哗”门开了，工藤兰柯走了进来，“哇”女生们惊呼,“帅哥啊！”小兰抬起头。
不会的！不会的！这不会是真的！小兰不敢相信的摇摇头。不光是小兰，园子也惊呆了。眼前这个工藤柯除了发型和工藤新一有些不同以外，他简直是工藤新一的翻版！工藤柯走上讲台，开始做自我介绍：“大家好，我的名字叫做工藤柯。我从小住在洛杉矶，这是第一次回国。请大家多多指教！”“那工藤同学，你坐到……”没等到导师说完，工藤柯径直走到小兰旁边坐下：“请多指教！”
自从这个工藤兰柯来了之后，这个班不再平静。女生们整天围着他团团转。而小兰的生活却被打乱了。因为她要整天无数次的告诉自己：他是工藤柯，他不是新一，他不是工藤新一！更让小兰惊奇的是，这个工藤柯买下了原来工藤新一的房子，他就住在工藤家！小兰的心中不禁生出熟悉的感觉，她仿佛感到新一还活着。
“毛利同学，听说你还没有男朋友啊！”小兰头也不抬的答应了一声。“恩。”“做我的女朋友吧！”工藤语出惊人。小兰慢慢抬起头，张了张嘴，却没有说一句话。园子以为她又会拒绝，因为她已经拒绝了n个优秀的男孩子了。“好！我答应！”园子惊呆了！小兰竟然答应了工藤柯的要求。她碰了碰小兰：“兰，你要知道他是工藤柯，他不是你的工藤新一啊！”小兰笑了：“我知道，我也要试着找个人好好交往了！”园子长舒了一口气：“你终于从工藤新一的阴影中走出来了。太好了！那个叫工藤柯的，你要好好待我们小兰啊，不然兰的空手道可不饶你！”工藤柯顺势把手放在了兰的肩膀上：“是是是，兰。明天我们开始约会吧！”兰看着他，心中生出一丝酸楚：今后工藤新一就消失了，我的生命中只有工藤柯！
之后，工藤柯和小兰越走越近，仿佛他们已经成了天造地设的一对。毛利夫妇和工藤夫妇都很高兴，他们为小兰终于走出了工藤新一的阴影而高兴。不仅如此，小兰在这一段时间内真的很高兴，她的脸上时常挂着微笑。在之后的交往中，小兰发现工藤柯和工藤新一真的有很多不同。他对足球一窍不通。而且，关于新一最爱的福尔摩斯他竟然就不知道。小兰彻底相信，工藤柯和新一是两种不同的人。
六
（某天 热带公园 喷泉*）
“小兰，冰可乐！”工藤柯拿着两听可乐朝小兰走来。两个人背靠背，默默的喝着可乐，一言不发，仿佛都有心事。突然他们都转了过来，异口同声地说：“我有话要对你说……”“你先说吧，小兰！”“恩……还是你先说吧，我一会再说。”“好！小兰，跟我订婚！然后毕业我们就结婚！”小兰一愣，她摇摇头，微微笑着，说：“那不可能了。你知道我要跟你说什么吗？”工藤柯茫然的摇摇头。“我们……我们分手吧！”“什么？！”工藤柯手中的可乐垂直下落！“为什么？为什么？”“对不起，工藤柯。其实，在交往的一开始，我是把你当成新一来看的，你……我把你当成了新一的替身。但后来发现，我这么做其实是在欺骗你的感情，对不起。我不能再欺骗下去了！工藤柯同学，真的对不起！”小兰的眼泪沿着脸颊滑落下来，然后她转身准备离去。
“兰，不是这样的，我就是……我就是工藤新一！我就是工藤新一！”小兰一愣，但后来又平静了：“我知道你不是，你是工藤柯，我的新一四年前已经死了！”“不。不是的小兰！听我说！”
两个月前，小哀找到了柯南。拿出了一粒胶囊。“给你解药，但是这个药有百分之50的死亡率，百分之50的成功率。也就是说，弄不好，你就永远离开了，你要试一下吗？”柯南接过药，坚定地说：“要！为了我心爱的兰！”小哀笑笑：“那好吧。在你吃药的时候，我和博士会在旁边，你有什么意外的时候可以急救！”“那你呢？你不想变回去吗？”小哀摇摇头：“不了，和工藤新一一样，宫野志保死掉了，现在只有灰原哀。我觉得做孩子要比大人快乐多了！”柯南看着小哀，默默的注视……
就在江户川文代（当然，这也是工藤有希子假扮的）接走柯南的第二天，柯南在博士的家里吃下了那粒胶囊。在忍受住巨大的痛苦之后，柯南变回了工藤新一！
但是，工藤新一死亡的消息给小兰很大的打击。如果让新一就这样出现小兰面前，她一定会接受不了。所以，他才假扮工藤柯来到了小兰的班上。
小兰听完后，已经是泪流满面：“为什么？为什么你不早点告诉我，柯南就是你，你就是柯南！为什么？”“喜欢你，因为我喜欢你，比世界上任何一个人都喜欢你 。怕你受打击，怕你受伤害。我尽量让自己远离福尔摩斯，远离足球，就是怕伤害你！我喜欢你，小兰。这是用我真实的声音在向你表白！兰！我喜欢你————”
七
“工藤柯，我们兰来是让你拐跑了啊！”在小兰和新一（当然，因为怕大家接受不了，更工藤新一还是隐没了，现实中只有工藤柯。但是，工藤夫妇向大众宣布，工藤柯是工藤新一的双胞胎兄弟。小兰便可以名正言顺的脚工藤夫妇爸妈了）！“好好待我们家兰啊！”毛利小五郎上前警告新一。“好！”那是当然！
“咔嚓！”新一亲亲小兰的镜头被永远保存下来了