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色彩上，这两个机器在RAW格式上已经没有区别了。
除了操作系统习惯不同、镜头群不同，单说机身最大的差别是：D800像素比5D3更高。
高像素带来的好处是同等尺寸下D800的分辨率更高，画面更精细。同时CMOS大小不变，像素高代表像素密度高，也会导致高感光度下画质下降，因此5D3的控噪优于D800。这两个优缺点相比而言，当然是高像素更加吸引人。
其他还有些小差别，比如对焦点数量尼康更胜一筹（可能专业摄影师不一定看重）。
总的来说，拍照D800是胜过5D3的，没什么大悬念。
附加因素：
5D3可刷ML固件，拍摄RAW格式视频，在视频拍摄效果上秒杀D800。如果你需要拍视频，可以毫不犹豫选择5D3。
所以你自己看如果要拍照为主可以选D800，如果拍视频为主可以选5D3。
佳能5D3的硬件指标低于尼康D800，但尼康D800需要购买其他的外接设备，佳能5D3取景和对焦上方式的选择却比尼康D800要多上不少，拍照的模式自然要丰富一些。两个产品的价格算上各自需要加载的配件，价格其实是相差无几的；佳能5D3胜在拍照模式多样化，特效选择也多，尼康D800胜在硬件配置高，操作容易。需要根据自身的条件和要求来选择合适的相机。
现在尼康D810已经出了，所以尼康D800和佳能5D3两台相机里卖弄，我更建议选择佳能5D3。
尼康D800我喜欢
对于尼康的品牌个人不是多么喜爱，偏爱佳能多一些，所以就5D3了。主要是看个人喜欢
都差不多，你喜欢啥就用啥，个人更喜欢5D3