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根据《国家税务总局关于发布<个人所得税专项附加扣除操作办法（试行）>的公告》（国家税务总局公告2018年第60号）第四章相关规定，纳税人通过填写电子模板直接报送扣缴义务人的，《个人所得税专项附加扣除信息表》一式两份，纳税人和扣缴义务人应签字（章）后分别留存备查。
《国家税务总局关于发布<个人所得税专项附加扣除操作办法（试行）>的公告》（国家税务总局公告2018年第60号）
第二十条 纳税人选择纳税年度内由扣缴义务人办理专项附加扣除的，按下列规定办理：
（一）纳税人通过远程办税端选择扣缴义务人并报送专项附加扣除信息的，扣缴义务人根据接收的扣除信息办理扣除。
（二）纳税人通过填写电子或者纸质《扣除信息表》直接报送扣缴义务人的，扣缴义务人将相关信息导入或者录入扣缴端软件，并在次月办理扣缴申报时提交给主管税务机关。《扣除信息表》应当一式两份，纳税人和扣缴义务人签字（章）后分别留存备查。
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再看看别人怎么说的。