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个人所得税制和增值税制存在较大差异，比如：增值税小规模纳税人适用简易计税办法，可以简单依据销售额进行征收管理、给予税收优惠，但经营所得的个人所得税是对收入减除成本费用和相关扣除项目后的余额计税；增值税小规模纳税人，在销售额超过免税销售额标准后，要对全部销售额纳税，但个人所得税的应税收入超过免征额的，只对免征额以外的部分征税；增值税小规模纳税人适用单一的比例税率进行计税，一般实际税负与收入多少没有关系，而经营所得个人所得税适用超额累进税率，所得多的实际税负率也高。因此，增值税的“免税销售额标准”与个人所得税的“免征额”不能进行简单比较。
2018年的个人所得税制改革，对取得经营所得的个体工商户已经给予一系列的减税政策：取得经营所得的个人除了可以适用6万元/年的减除费用（免征额）外，还适用更加优惠的税率表，还可以享受子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或住房租金、赡养老人等六项专项附加扣除，大部分纳税人税收负担明显下降。