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你单位这样做合法。事业单位的职工分成两种情况：一是有编制的职工，这类职工的待遇比照公务员法来。二是无编制，和单位订立劳动合同的职工，他们是按《劳动合同法》享受各种待遇，就如你所说的和企业待遇一样。看你的情况属于单位用劳动合同聘用的职工，所以按《劳动合同法》来。
你不管是在什么单位上班，你只要和单位签订劳动合同，单位就应该给你发工资，具体工资从什么渠道出跟个人没有任何关系，合同里面有对你工资的约定，单位必须按照合同约定来给你发放工资，另外，个人所得税的计算方法(起征点2000元)，使用超额累进税率的计算方法如下：
缴税=全月应纳税所得额*税率－速算扣除数
全月应纳税所得额=(应发工资－四金)－2000
实发工资=应发工资－四金－缴税
工资、薪金所得适用个人所得税九级超额累进税率表
级数
应纳税所得额（含税所得额） 税率% 速算扣除数（元）
一 不超过500元 5 0
二 超过500元至2000元 10 25
三 超过2000元至5000元 15 125
四 超过5000元至20000元 20 375
五 超过20000元至40000元 25 1375
六 超过40000元至60000元 30 3375
七 超过60000元至80000元 35 6375
八 超过80 000元至100000元 40 10375
九 超过100000元 45 15375
个体工商户的生产、经营所得和对企事业单位的承包经营、承租经营所得适用
级数
全月应纳税所得额(含税所得额) 税率% 速算扣除数(元)
一 不超过5,000元的 5 0
二 超过5,000元到10,000元的部分 10 250
三 超过10,000元至30,000元的部分 20 1，250
四 超过30,000元至50,000元的部分 30 4，250
五 超过50,000元的部分 35 6，750
劳务报酬所得适用
级
数
全月应纳税所得额(含税所得额) 税率% 速算扣除数(元)
一 不超过20,000元的 20 0
二 超过20,000元到50,000元的部分 30 2,000
三 超过50,000元的部分 40 7,000