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我是重庆医药高等专科学校今年的毕业生，我有朋友是三峡医专的，我客观的为你比较一下这两所学校。
1 医药高等专科学校前称是重庆药剂校，有五六十年历史了，在川渝地区声誉都很好；三峡医专以前是万县卫校，过去在万州地区有一定声誉。
2 重医专在沙坪坝大学城，三峡医专在万州区。
3 师资上都差不多，重医专要略好一点，但主要是管理上差别比较大。重医专比较严格，而三峡医专管理比较开放。但校风上重医专要比三峡医专的好很多（毫不夸张）。我听我朋友讲他们学校那些学生打架闹事经常发生。我们学校少有此类事情发生。
4 学校硬件上，三峡医专是新修的的要好些，但我们学校现在搬到大学城了，条件也变好了很多。但校舍规模上三峡医专的要大气些，可能是以为重庆和万州的地价决定的吧。
5 就业方面两所学校都是定位在私人医院以及县级以下的事业单位医院。重庆医专侧重于主城周边地区医院，三峡医专跟侧重于万州黔江地区的医院。这主要是由于两所学校的校址和实习基地决定的。
6 重医专实习基地都是在主城区的三甲及以上的大型医院，比如重庆市第1-9人民医院，新桥，大坪，西南，解放军324医院等。而三峡医专的实习医院都是万州和黔江地区的市级医院，和交大点的私人医院，以及个别县级医院。学到的和见识到得东西的差别当然不言而喻。
希望我说的这些能够帮到你。
我给你的建议是如果你考的上重庆医药高等专科学校最好就报这儿，要是考不起可以再考虑三峡医专。在选专业方面，我们学校药学和检验最好其次是护理，三峡医专我不太清楚，但两所学校都不要报临床专业，现在本科临床都不好找工作了，更何况专科。
下面为你比较一下这两所学校吧。
1、重庆三峡医专在重庆市万州区，重庆医专在大学城。重庆医专在大学城，的确离主城区近，不过坐车也要1个小时才到沙区。万州现在到重庆主城还要3个多小时，不过听说渝-万城际铁路也快了，到时候万州到重庆也只需要一个多小时了。
2、重庆医专学校面积较小，学校才搬过去一年，配套设施也还不怎么完善，校舍宿舍功能不全，有的道路都还是泥巴路，也在建设中。特别是他们还有一部分校区在老药剂校，倒是位于市中心，不过校区特别老旧。重庆三峡医专在刚建校时就整体搬到新校区了，今年又新修了几栋教学楼，体育馆体育场和艺术中心。学校外面的小店很多，饮食、超市、商店都多，生活比较方便。
3、重庆三峡医专是万县卫校和万县中医校合并的，过去在渝东、川东地区很有声誉，渝西和川西的很多学生也慕名而来。重庆医专是三个中专学校合并的，重庆药剂校在重庆比较有名，但是其他两所学校就没怎么听说了。
4、三峡医专向来对学生的管理比较严格，在我们刚进校时还是封闭式管理，后来才逐步开放，对纪律，上课，夜间归寝等都查得严。重庆医专也查，但是较松，如果想偷懒或者出去耍机会还是蛮多的。
5、三峡医专的实习基地分布很广，主要分重庆片区、成都片区和华南片区。实习医院都在二甲以上，很多都是三甲，像重庆一院、三院、四院、九院、中山医院，四川省人民医院、四川省骨科医院、广东省人民医院、厦门市人民医院等，可供选择的医院很多，如果你想到广东、福建、上海等地发展也可以。而且像药学、口腔医学技术等几个专业有订单培养，在实习的时候直接进入就业单位实习，可以开始挣钱了。重医专实习基地也差不太多，但是实习基地没有三峡医专多，而且也仅分布在重庆市市区及周边，可供选择的不多。