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那多了，细菌细胞膜中是有蛋白质的。细菌的胞质溶胶里有很多蛋白质；细菌核区中也存在于DNA复制和转录有关的酶，酶的定义就是具有催化活力的一类蛋白质或RNA，大多数是蛋白质。细菌具有核糖体这种细胞器，它又叫核糖核蛋白体，是由蛋白质和tRNA构成的。细胞膜内膜上也分布着各种催化效力的酶类，因为细菌除了核糖体是没有细胞器的，酶只能吸附在唯一有膜的结构中，也就是细胞膜了。
细菌工程菌胞内表达主要分为两种形式，一种是在强启动子条件下的高效表达，由于蛋白的过度表达，使蛋白不能及时有效折叠而发生无规则卷曲，以固体颗粒的形式堆积于胞间质中，这就是所说的包涵体，另外一种是间质内的可溶性表达，即可以发生正常折叠，具有生物活性。一般情况下，细菌只要被正常破壁就可以通过离心的形式将包涵体和可溶性表达的蛋白分离开。
超声破碎的条件一般是300w，10s/10s，20分钟，具体条件可根据自身情况而定。
超声前菌体的准备：菌液离心后，先用pbs将菌沉淀洗2-3遍，然后按原菌液体积的1/5-1/10加入裂解液重悬菌体，裂解液的成分：50mmtris-hcl, ph8.0, 2mm edta，100mm nacl，加溶菌酶至100ug/ml，0.1%triton x-100。切记冰浴超声！
如何判断是否超声完全：一般有以下几个方面：
1，外观判断：超声前菌悬液是浑浊的，超声完全后变的透明、清澈。
2，液体的粘滞性：超声后菌液从枪头滴下不粘连。
3，高速离心：有用高速离心检测超声破碎程度的（一般用6,000 g 10 min, 比一般离心收集菌体的转速高一点）。 沉淀是未破碎或破碎不完全的菌体。
4，染色：破碎后的菌液涂片，革兰氏结晶紫溶液染色0.5分钟，镜检。
超声后加入核酸酶消除核酸对蛋白的污染。
一些需要注意的问题：
1，蛋白以包涵体形式表达，追求的是高破碎率，要求细胞碎片很小，而另一种蛋白是可溶形式表达，所以细胞碎片不能很小，两种情况要求不同但目的相同，都是便于后期的固液分离。
2，如果超声时出现黑色沉淀，说明超声功率太强。
3，超声时间太长、功率太高对蛋白活性肯定有影响。
4，尽量防止泡沫的产生。
菌体的内外膜上有蛋白质，鞭毛上有蛋白质，细菌细胞中的酶是蛋白质，核糖体上有蛋白质。