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FLAC和APE的区别有：
1、自我纠错能力不同
无损格式压缩的不好也会导致编码损坏，即爆音现象，而在处理这种问题时，FLAC的会以静音方式代替有损部分，而APE的处理则与常见的有损压缩格式处理的方式相同，以爆音方式代替有损部分。这一点FLAC设计的更人性化。
2、解码的速度不同
由于编码方式的不同，将影响两种无损压缩格式的解码速度，通常FLAC的解码速度比APE快30%，这是因为，FLAC只需执行整数运算，而无需执行占用系统更高频率和更大数据处理量的浮点运算。基于这一点，一般硬件均可完美实现实时解码。
3、资源获取方面不同
无论FLAC还是APE，在资源获取上，两者都能通过网络搜索轻松获得。单从技术角度讲，FLAC要明显比APE优秀，原因在于，FLAC是第一个开源的且被世界公认的无损压缩格式，有来自世界各地的顶尖级开发高手对FLAC进行免费的开发与技术完善，同时，FLAC有广泛的硬件平台的支持，几乎所有采用便携式设计的高端解码芯片都能够支持FLAC格式的音乐。
FLAC第三个优势在于： 优秀的编码使得硬件在解码时只需采用简单的整数运算即可，这将大大降低所占用的硬件资源。不过两种公开的技术具有极强的互补性，任何一方都不可能全面超越另一方。
APE的音质渲染和压缩比率要比Flac稍微好一点点,但是APE在许多硬件上(比如MP4)兼容的并不是很好,在MP4里存储时APE本身压缩率过高会出现撕裂音,MP4音效不可调,或根本不再支持的现象,而且APE的解码要远比Flac费电
Flac更适合收藏某些CD信息或者放到MP4里,很早以前就有MP4对Flac的任何压缩率的音乐都完全支持,而且Flac的容错技术远好于APE(APE的音乐只要数据出一点损耗真个音乐就不能再播放),支持MP4的各种音效
APE和Flac的Kbps率是远远比MP3,wma,aac等格式是要高,一般为600-1MKbps,CD所使用的wav的Kbps数也只有1441Kbps,这也就意味着声音的质感更加真实,声音的信息被最大化保存,最适合那些对音乐要求非常严格的音乐发烧友
如果你实在很疯狂,而且MP4和电脑的容量也够,直接保存CD的wav文件是最好最强大的,非骨灰级音乐玩家不要尝试
无损的东西就是无损，播放时就是还原成和原wav一样的pcm数据。之所以很多金耳朵的人说把一个wav压成ape或flac之后再放音质就比wav的差，不是因为数据损了，而是因为电脑这个东西影响音质的因素很多，wav不需要解码，直接送给声卡，而ape和flac多了一个解码环节，这就有可能带来额外的jitter。不过对于一般耳朵和设备的人来说无所谓了。数据无损已经够理想了。
FLAC压缩率略低于APE，但播放时CPU占用率远低于APE，另外容错性也大大强于APE。
还有就是FLAC是开源的，目前已在多种平台实现。
完美CD音轨是为了刻盘用，有音响和声卡用，给好耳朵用
如果啥都没有，就继续用MP3吧