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杂交是同一类的物种通过干预混合出来的产物，比如水稻南方的品种有抗病的能力，北方的水稻有抗旱的能力，把两种水稻的花粉混合植入雌蕊，在通过改良培养，就得出南北方混合技能抗病又能抗旱的品种。
转基因却不同，通过转基因的物种实际已经不再是原来的物种，通过人类对物种的基因排列进行干预，甚至是重组排列，的出来的新的产物，它的外表像原来的的本体，但实质已经改变，比如转基因大豆，外表是大豆，但是它的实质已经不再是大豆，而是人类创造出来的新物种它的基因排列已经不是大豆的基因图谱，它的产量，产油量是大豆的几倍，甚至是几十倍。在科学家眼睛里，这些大豆不是真正的大豆，它的安全性有待考证，在国外对转基因农作物的争议很大，有科学家认为转基因的作物可能会引起人类或者是其他动物的基因突变，所以是竞争食用和进口转基因农作物的，在发展中国家，为了能解觉人口吃饭问题，所以还是让这些高产的未知物进到人类的嘴里。
转基因水稻一般是用DNA重组技术，将外源基因接入到水稻DNA中，使水稻产生新的特性；而杂交稻就是选用两个遗传上有一定差异的但又能优势互补的水稻进行授粉杂交所产生的优良品种