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当然有区别，举个最简单的例子来说，你有没有发现你通过手机直接升级的话升完后你原来安装的软件依然存在，而你通过itunes升级后就什么都没有了！所以简单的说通过手机直接升级相当于你电脑光重装C盘，但是以前在装软件遗留的很多垃圾还留在别的盘里，而你通过itunes升级就相当于把电脑里所有的盘都格式化了再重装，那么对于你如果将来准备越狱的话通过itunes升级后越狱会相对稳定，不太可能会因为遗留文件问题而引起别的异常问题。
是的，而且只能升级到当时的最新系统。
每升级一次就会变成官方未越狱版本，升级最新的ios后一般要过段时间才会出该版本的越狱方法，可以随时关注威锋这类论坛看看越狱文件出没出。。。