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按照你的说法是明显不合理的，但是你的领导要是不帮你说话，那你还是没办法，没有证据能证明你请假了，结果就是公司可以按照旷工来让你自离，所以扣钱都是轻的了，你还是跟领导搞好关系才是最重要的。
可能领导忘记跟办公室说这个事了，所以办公室只能照章办事，没有假条就算旷工。建议你重新跟领导打声招呼，然后补个假条给办公室。除非领导是摆明了要记你旷工，不然应该还是会重新给按请假算的。
请病假需要的是医院开的病假条，不是你的病例，所以如果你没有病假条，那就把病假改成事假，或者拿你的年假冲抵，要不就只能算成旷工，不过领导要是故意刁难你，你又开不出假条，那你这个旷工的罪名我觉得很难拿掉了，好好跟领导说说。