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生物滤池除臭原理是用碎石或塑料制品填充生物处理结构，它是在污水灌溉实践的基础上，根据土壤自净原理，通过较原始的间歇砂式滤池和接触式滤池来开发的，其目的是使污水与在填料表面生长的微生物膜间隙接触，从而净化污水，即生物滤池除臭原理。
将一定量的滤料置于生物滤池中，当尾气从上而下被过滤后，尾气与滤料不断接触，微生物便可以在尾气表面繁殖再生，形成生物膜。生物膜是由多种微生物组成的生态膜系统，微生物从废气中吸收污染物作为养分，并通过代谢获得生存所需的能量，从而形成新的微生物群。在生物膜达到一定厚度时，氧气不能进入生物膜内，导致生物膜内发生厌氧现象，粘着力降低。水洗后，生物膜脱落，新的生物膜生长在滤料表面。经过多次循环，废气被净化。