in stage 似乎不是短语关系。in 在这里就是个普通的介词。例句:Microsatellite instability (MSI) in stage II and III colon cancer. 其中 stage II and III 是一起的。
at stage 似乎也很少出现。一般也是以 ”at the stage of“ 形式出现的。 例如: at the different stages of life -- 在人生的不同阶段。 “at this stage” 可以看作一个短语,译为“在现阶段。