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沙门氏菌感染的临床表现多种多样，按其主要症候群，可分为肠炎型、伤寒型、败血症型和局部化脓性感染四型。
⑴肠炎型(食物中毒)
是沙门氏菌感染最常见的形式，潜伏期一般为8～24小时。起病急骤，常伴有恶寒、发热，但热度一般不甚高，同时出现腹绞痛、气胀、恶心、呕吐等症状。继而发生腹泻，一天数次至十数次或更多，如水样，深黄色或带绿色，有些有恶臭。粪便中常混有未消化食物及少量粘液，偶带脓血，当炎症蔓延至结肠下段时，可有里急后重。病程大多为2～4天，有时持续时间较长。鼠伤寒沙门氏菌感染时，以腹泻、高热为主，脓血便多见;成人高热较少，热程较短，腹痛及里急后重较多，而儿童高热较久，呕吐及脱水较多。
偶有呈霍乱样暴发性胃肠炎型者，病人呕吐和腹泻均剧烈，体温在病初时升高，立即下降，脉弱而速，可出现严重脱水、电解质紊乱、肌肉痉挛、尿少或尿闭，如抢救不及时，可于短期内因急性肾功能衰竭或周围循环衰竭而死亡。
⑵伤寒型
非伤寒沙门氏细菌感染时，可引起类似伤寒的临床表现，其中以猪霍乱菌较常见。症状一般较伤寒轻，长期发热，伴胃肠道症状，或以胃肠炎为前驱表现，皮疹少见，腹泻较多，可见脾肿大，白细胞总数低下，而肠穿孔、肠出血等并发症少。病程大多仅1～3周，血和粪便培养可获有关沙门氏菌。复发机会比伤寒多。
⑶败血症型
在免疫功能正常的宿主中，沙门氏菌感染引起败血症的机会不到10%，而艾滋病(AIDS)可高达45%。败血症型患者约有1/3～1/2有肝硬化、系统性红斑狼疮、白血病、淋巴瘤或新生物等原发病，预后较差。本型以长期发热为主要特征，体温可高达40℃以上，呈不规则热(弛张热或间歇热)，伴反复寒战、出汗、头痛、恶心、厌食、体重下降，部分患者有胃肠炎症状，偶见脾肿大，约1/4患者在病程中出现局部感染病灶，以骨关节最常见，且可累及多关节，迁延不愈，形成瘘管。新生儿、婴儿的脑膜易受侵犯，病死率可高达80%以上，其他尚有支气管肺炎、肺脓肿、胸膜炎、脓胸、心包炎、心内膜炎、肾盂肾炎等。
⑷局部化脓性感染
可发生于任何部位，但好发于缝线处、骨折处、组织器官移植处、动脉粥样硬化斑处以及有肿瘤处等原先有病变，或活力不强的部位。本型无胃肠炎或全身症状，仅有脓肿形成，并呈慢性化倾向，需靠病原菌检查以明确诊断。