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牛奶过敏的主要原因有二：
1、牛奶蛋白过敏：宝宝对牛奶中的蛋白质产生过敏反应，每当接触到牛奶后(尤其是胃肠道最多)，身体就会发生不适症状；各个年龄不论大人小孩皆会有，因为婴幼儿多以牛奶为主食，所以是最容易发生牛奶过敏的时期。
因为胃肠最先接触到牛奶，所以牛奶过敏的症状以胃肠方面的不适为最多，如腹泻、呕吐、粪便中带血、腹痛、腹胀等。
当牛奶中的蛋白质被胃肠吸收后，随着血流运送到全身的各个器官部位，也会产生不同器官的过敏反应，而有一些其他的症状(如下所列)，但只要停止接触牛奶，这些身体上的不适马上就会消失。
1、 皮肤方面：约50％-70％易有异位性皮肤炎、起红疹、过敏疹等。
2、 呼吸方面：约20％-70％有气喘、气管炎、痰多、鼻炎、中耳炎等。
3、 其他：如过敏性休克、肾脏症候群、夜尿、睡不安宁、烦躁、眼结膜炎、眼皮红肿等。
2、乳糖耐受不良：宝宝的肠道中缺乏乳糖酶，对牛奶中的乳糖无法吸收，所以消化不良。通常此类患儿只有胃肠方面的不适，大便稀糊如腹泻般，如果停止奶水，则症状很快会改善。