1.用户使用角度差别
小程序不用下载、微店要下载才能使用。你想买东西的时候用小程序可以直接在微信里搜索到，直接使用。别人推荐你一个小程序，你点开分享就直接进入小程序了。可以马上浏览商品，下单购买。
而微店要使用，需要下载APP，好友分享过来，也只是一个链接/店铺号，还是要下载APP再打开。这不是一个量级的用户体验差别。
2.商家服务差别
平台性质决定了商家服务的差异虽然电商小程序和用户是一对一的交互方式。商家不用太注重和同类商家价格上的竞争。
但因为小程序不用安装，有即用即走的特性。所以，用户离开也是飞快的。这会倒逼商家提供更好的服务和商品，才能留住用户。不然被抛弃，用户是眼睛都不眨一下的。连卸载的成本都不用了。
而微店和淘宝都是集中显示各个商家的商品。要从万千商品中脱颖而出，比价格是不得不做的妥协。所以总体来说，小程序平台上的优质的卖家会更普遍。微店上走实惠路线的店家会更多。如果非要把小程序跟微店做对比，那就应该是小程序可以开发成微店，但是微店就只能是微店，如果哪天小程序全面取代了微店、微商城，我是一点也不会觉得奇怪的
为您总结了一下几个方面，方便您对比了解：
（1）本质区别
微信小程序：微信小程序是由微信官方推出的平台
微店：微店是由第三方公司开发的电商平台。
（2）资质不同
微信小程序：商城小程序必须有营业执照企业才可以做小程序。
微店：微店无论您是个人还是企业，都可以制作微店。
（3）用户体验不同
微信小程序：微信小程序无需下载安装，即走即用，操作方便快捷。
微店：微店相当于手机端商城网站，操作起来不方便，用户体验感没有小程序那么方便。
（4）流量入口不同
微信小程序：微信小程序基于微信12亿用户，目前已有80多个流量入口，如：附近的小程序、小程序太阳码、发现栏-小程序，微信顶部栏等。
微店：微店入口有微信和微信公众号，只能在这些推广入口中寻找流量。
（5）功能模式不同
微信小程序：它是根据商家的功能需求定制一款小程序，比如微信小程序直播、社区团购、分销、优惠券、拼团、秒杀等功能，商家自主性比较大。可以随时随地开展营销活动，不需要入驻费用。
微店：微店采用的是“入驻”模式，与入驻淘宝、京东差不多，需要收费一定的入驻费用。模板比较固定，功能都差不多，入驻的商家无法形成自己的特色。
以上希望能够帮助到您！