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先确认一下U盘容量是否发生变化，在资源管理器中右击U盘，选择属性后就能看到当前U盘中的剩余空间，如果说仍旧和以前相同，那么有很大的可能性是文件及文件夹被病毒隐藏了，在清除伪装成文件夹的病毒文件之后，会误以为文件不在了。
可以运行CMD，在弹出的命令提示符中输入attrib -h -s x:\*.* /S /D，这个命令行的意思是取消磁盘中所有文件及文件夹的隐藏和系统属性，不过请记得用U盘的实际盘符来代替命令行中的X。
但若发现磁盘剩余空间与U盘的容量大小一致，那么文件是真丢了，可以借助数据恢复工具软件，扫描U盘并恢复文件，不过在文件恢复之前，请勿再向U盘中写入任何文件了，避免原文件所在的扇区被新文件覆盖，导致数据恢复失败。
数据恢复工具软件使用方法：
1、以嗨格式数据恢复大师为例，将U盘插入USB接口，软件即可自动识别U盘，这时候在“场景模式”下选择“U盘/内存卡恢复”功能，对自己的U盘数据进行扫描。扫描的时间长短由数据信息量的大小决定，同时，扫描过程中要确保U盘的稳定连接，才能完整地扫描数据信息，完成恢复;
2、扫描完成后，在扫描结果中找到自己想要恢复的数据勾选点击恢复即可。如果信息太多，还可以通过调整排序方式来寻找自己要恢复的数据信息。需要注意的是，在恢复文件时，恢复的文件和原来的存储路径不能相同，这样做是为了防止原有数据被覆盖丢失或一些其它的错误。