小米9SE与小米9同样采用了一块“水滴屏”，不过对角线尺寸从小米9的6.39英寸缩小到了5.97英寸。这尺寸的差异反映到实际的观感上，小米9 SE会明显比小米9小上一圈，整机尺寸更接近于“非全面屏”时代的5英寸屏幕手机。
聚焦于这块屏幕，小米9SE选择了三星的AMOLED面板，5.97英寸，分辨率 2340*1080，长宽比 19.5：9，显示的亮度(最高600尼特)、色彩( NTSC色域 103.8%)以及对比度(60000:1)上的表现有着较高的水准。同时，小米也针对这块屏幕在强光、弱光等极限光线环境下的显示效果做了优化，新增了更多息屏显示显示图案，保持了与小米9一致的体验。
机身设计上，小米9SE延续了小米9的三明治结构：双面玻璃搭配铝合金中框，只是后壳玻璃从小米9的3D曲面玻璃变成了和前面板一样的2.5D玻璃。不过由于有限的机身尺寸，加上仅为155g的重量，小米9SE通过中框饱满的弧度有效弥补了因背部弧度缺失所牺牲的手感，实际上手反而会更易于把握，这是大屏手机始终无法给予的“真”轻盈手感。
在配色上，小米9SE给出了与小米9一致的全息幻彩配色——全息幻彩蓝与全息幻彩紫，在光线掩映下形成了彩虹一般的色彩观感，很是惹眼。不过由于小米9SE采用了2.5D玻璃背板，那种由3D曲面玻璃带来的“S”型光影并没有在小米9SE上复现，少了一丝光影的唯美。
至于后置摄像头，小米9SE采用了与小米9相似的天使眼设计，三颗摄像头竖直排列，突出于机身，最上方的超广角摄像头有着一圈全息幻彩色的圆环做装饰，极具辨识度。小米9SE支持屏幕指纹，“第五代屏幕指纹”方案的本质依然是光学指纹识别，通过屏下的镜头式光学指纹模组来捕捉指纹图像。
实际体验中，小米9 SE的屏幕指纹体验已经十分接近主流的电容式指纹识别，几乎是在手指接触屏幕的同时就会触发，无需任何按压步骤，解锁就已经完成，这在两千元档的机型中实在难得，也是唯一的体验。
得益于更快的指纹，小米9SE在长按指纹解锁后上滑可进入快捷功能，拖动能选想要开启的快捷方式，松手可打开，支持五种常用的快捷方式，包括呼出小爱同学、支付二维码和扫码等，习惯后很便捷，尤其是日常支付，省去翻找APP的麻烦。